HyperChem 8.0
A HyperChem 8.0 a Hypercube legfontosabb Windows alatt futó terméke. A programban a molekulamechanika, a molekuladinamika és a szemiempirikus módszerek mellett megtaláljuk az ab initio és sűrűségfunkcionál módszereket is.
Molekulaépítés
A HyperChem programmal rendkívül egyszerű a vizsgálni kívánt molekula felépítése: az egér mozgatásával úgy lehet a képernyőn megrajzolni a molekulát, mintha papíron rajzolnánk ceruzával. A használni kívánt atom egyetlen egérkattintással kiválasztható a beépített elektronikus periódusos rendszerből. A 2D molekulavázlatot ezután a modellépítő 3D molekulamodellé alakítja. A hidrogénmolekulákra kattintva azokat tetszőleges szubsztituensre cserélhetjük. Ha hibát vétünk a molekulaépítés során, az Undo paranccsal azt egyszerűen kijavíthatjuk. A már megépített molekula módosítását nagyon könnyűvé teszi az egérrel vezérelt kötés körüli forgatás, a sztereokémiai elemek egérművelettel való kezelése és még számos hasonló, hasznos programtulajdonság. Sok atomból álló, összetett molekuláknál a sokféle kiválasztási, kiemelési és megjelenítési lehetőség egyszerűvé teszi, hogy a számunkra érdekes molekularészletre összpontosítsunk.
- A molekula egérrel végzett műveletekkel egyszerűen kiválasztható, forgatható, mozgatható és méretezhető.
- A 2D molekulavázlatokat a HyperChem fejlett modellépítője 3D molekulamodellé alakítja.
- A molekula felépítése során egyszerűen alkalmazhatók kényszerfeltételek is, amelyek változatlanul maradnak a modellépítés során: megadhatók kötéshosszak, kötésszögek, torziós szögek vagy egy atom körüli kötések teljes geometriája is.
- Minden atomnál előírható az atomtípus, formális töltés, atomtöltés, atomtömeg, és az atomokhoz saját címkék is rendelhetők.
- Molekulaláncok és bonyolult, összetett molekulasokaságok is létrehozhatók. Az atomcsoportok ugyanolyan könnyen mozgathatók mint az egyes atomok vagy molekulák. A munkafolyamat szkriptek segítségével automatizálható.
- Aminosavak és nulkeotidok könyvtára áll rendelkezésre fehérjék és nukleinsavak építéséhez. Ikerionos szerkezet építhető, a molekulához ellenion adható. Az alkotó atomok töltései az Amber, Charmm és OPLS force fieldek által használt sablonfájlokból vehetők át.
- A nagy molekulák részegységenként építhetők fel; a fehérjék aminosavegységei kicserélhetők (mutáció).
- A fehérjemolekulák kiválasztott részletei kivághatók és beilleszthetők más fehérjékbe (homológ modellezés). A fehérjemodellezési feladatok akár több mint 100.000 atomot tartalmazó molekulákra is kivitelezhetők.
- Fájlból olvasható be egy fehérje aminosavszekvenciája, és definiálható a belőle építendő fehérjemolekula másodlagos szerkezete.
- Oldott anyagok vizes közegben való viselkedése is tanulmányozható a HyperChem segítségével. Egyensúlyi állapotban levő vízmolekulákat tartalmazó periodikus cella használható a számításokhoz. A periodikus határfeltételek alkalmazhatók más oldószermolekulákkal is, és üres cella esetén is.
- A széles körben elterjedt fájlformátumok olvashatók a HyperChem számára: Protein Data Bank PDB, ChemDraw CHM, MOPAC Z-matrix, MDL MOL, ISIS Sketch, Tripos MOL2, Cambridge Crystallographic Database.
- Molekulakristályok építhetők molekulákból. Megadható a kristálytípus és az elemi cella paraméterei.
- Számos előre elkészített elemi cellából választva hozhatók létre atomkristályok, periodikus határfeltételek alkalmazásával vagy anélkül.
- Aldózok, ketózok és származékaik könyvtára segíti a cukormolekulák gyors és egyszerű felépítését. Egyedi molekulaegységek is definiálhatók.
- A polimerépítő tetszőleges, a felhasználó által felépített egységből épít polimermolekulákat. A monomerek kapcsolódásának precíz leírásához szükséges összes szerkezeti paraméter megadható a programnak, vagy előírható az egységek véletlenszerű összekapcsolódása.
- A molekulák adatbázisból is beolvashatók. Rendelkezésre áll a HyperChem saját, több mint 10.000 molekulát tartalmazó adatbázisa, de a felhasználó használhatja saját építésű adatbázisát is.
- Bármely két molekula egymáshoz illeszthető RMS-alapú eljárással.
- Az atomokhoz formális töltés rendelhető. Ez szemléletessé teszi a molekula töltésviszonyait, s a modellépítő is felhasználja a 3D modell megalkotásánál (egy atom szabad vegyértékének megadása).
- Saját R szubsztituens építhető, amely a későbbi munka során bárhol felhasználható, ahol az adott szubsztituenst kívánjuk a molekulához illeszteni. Emellett a HyperChem rendelkezik saját szubsztituenskönyvtárral is.
- A molekulaépítés vagy módosítás során minden műveletnél rendelkezésre áll az Undo és Redo parancs.
Megjelenítési módok
- Használható molekulamodellek: pálcás, golyós-pálcás, csöves, pontfelszín és CPK-gömbök.
- Minden atomhoz minden megjelenítési mód használható, s könnyű a közöttük való váltás.
- A molekula kijelölt része egyszerűen a képernyő közepére igazítható.
- Egyedi paraméterek állíthatók be a molekulamodellekhez: változtatható a CPK-gömbök sugara és a pálcák és csövek vastagsága.
- 16 millió színből választható ki bármely atom színezése.
- A molekula- és atompályák és az elektronsűrűség 2D kontúrfelülettel vagy 3D szintfelülettel ábrázolhatók.
- Az elektrosztatikus potenciál mint önálló 3D szintfelület jeleníthető meg, vagy színkódolással az elektronsűrűség szintfelületre vetíthető.
- A fehérjemolekulák váza választhatóan az oldalláncokkal vagy az oldalláncok nélkül rajzolható ki. A különböző másodlagos szerkezetek jelzésére különböző megjelenítési módok használhatók: szalag, henger, vastag csöves.
- Kiemelhetők a molekulán belüli hidrogénkötések.
- Vektorral szemléltethető a dipólmomentum és az atomokra ható erő.
- Az aromás gyűrűk kétféle, a felhasználó által választható módon ábrázolhatók.
- A HyperChemben létrehozott molekulaszerkezetekből sugárkövetéses módszerrel létrehozott, magas minőségű grafikai kép állítható elő. A fényforrások helyzete és színe változtatható.
- Az atomok címkéi lehetnek: kémiai szimbólum, atomnév, atomtípus, atomtöltés, spin, atomtömeg, bázisfüggvény-készlet, kiralitás és gradiens.
- A kötések címkéi lehetnek: kötéshossz vagy kötésrend.
- A fehérjemolekulák aminosavegységeinek címkéi lehetnek: típus vagy sorszám.
- Egyedi szöveg is illeszthető az atomokhoz mint a szerkezethez csatolt felirat.
- A molekula bármely kijelölt részéhez tartozó tehetetlenségi nyomaték és tehetetlenségi nyomaték tengelyek megjeleníthetők.
- Megjeleníthetők a molekulára vagy annak egy részére definiált PONT, VONAL és SÍK elemek.
- Ábrázolhatók a periodikus határfeltételek.
- A molekula vagy molekularendszer bármely része elrejthető.
- A molekulák RMS-értékek alapján egymáshoz illeszthetők.
- Szabadon választható a munkaterület, az atomok, a kijelölések, molekulapályák, atompályák és szintfelületek színe.
- A molekulamechanikai és szemiempirikus számítások paraméterei megjeleníthetők és szerkeszthetők bármely kiválasztott atom, kötés vagy kötésszög esetében.
- A képek a vágólapra tehetők, és más programokba beilleszthetők (például MS PowerPoint), illetve internetes honlapokon szerepeltethetők.
- A molekulaszerkezetek, atom- és molekulapályák, spektrumok aktív honlapok létrehozásához használhatók fel. Lehetőség van a molekulák forgatására, a pályák vizsgálatára és a normálrezgések animációjára.
- Egy molekularendszer kijelölt molekulája önálló névvel jelölhető meg, s ez megjeleníthető a molekula mellett.
- Megjeleníthető a potenciális energia szintfelülete egy vagy két független szerkezeti változó esetében. A kép elmenthető és bemutatók készítéséhez a későbbiekben felhasználható.
- A spektrumoknál megjeleníthető a frekvencia, intenzitás és sávszélesség. Egy vonalra kattintva az egérrel, egyszerűen további információk kaphatók.
- Az atomokhoz csatlakozó vektornyilak jelzik az atomra ható relatív erőt vagy az atom elmozdulását valamely normálrezgés során.
- Megjeleníthető a molekula atomjainak mozgása az egyes normálrezgések során (IR-spektrum)
Kiválasztási lehetőségek
- A legtöbb művelet végrehajtható csak a rendszer kiválasztott részén is, nem csak az egész rendszeren. Ez számításigényes műveleteknél lehetőséget teremt a lényeges molekulákra vagy molekularészekre való koncentrálásra.
- Az atomok egy kiválasztott része névvel megkülönböztetett csoportba foglalható, s egyedi megjelenítési mód alkalmazható rájuk, vagy nyomon követhető a számítások során meghatározott jellemzőik változása.
- A kiválasztott atomcsoportokra alkalmazhatók az előre definiált kategóriák: PONT, VONAL, SÍK, REAKTÁNS, TERMÉK, GHOST ATOMOK, NMR ATOMOK, MECHANIKAI ATOMOK, KVANTUM ATOMOK.
- A kiválasztás történhet atomok, molekulaegységek vagy teljes molekulák alapján.
- Az egyes atomok kiválaszthatók meghatározott jellemzőik alapján, például kijelölhetők a molekula mindazon atomjai, amelyek energiagradiense egy bizonyos intervallumba esik.
- Fehérjemolekuláknál kijelölhetők az egy adott másodlagos szerkezetbe eső atomok, például mindazok, amelyek alfa-hélixet alkotnak.
- A kiválasztott csoportokkal logikai műveletek hajthatók végre.
Adatbáziskezelés
A HyperChem 8.0 különálló adatbáziskezelőt tartalmaz, amely adatokat tud cserélni a HyperChem molekulamodellező programmal, s molekulákat biztosít a számításokhoz és tárolni tudja a számítások eredményeit.
- Az újonnan megrajzolt 2D molekulaszerkezetekből új adatbázis hozható létre, amely elemei kapcsolatban állnak a 3D molekulaszerkezetekkel és azok adataival.
- A nagyon nagy, akár több mint 10.000 molekulát tartalmazó adatbázisok is könnyen kezelhetők.
- Egyetlen egérkattintással új adatbázisrekord hozható létre a HyperChemből.
- A publikációk és bemutatóanyagok számára 2D molekularajzok hozhatók létre.
- Az adatbázisok kereshetők 2D molekulaszerkezet vagy bármely adatbázismező adata alapján.
- A HyperChem számítások automatizálhatók az adatbázisokra alkalmazható szkriptek segítségével.
- Az adatbázisok okostelefonra vagy Pocket PC-re is átvihetők.
- Használhatók a Microsoft Access .mdb adatfájlok is.
- A 2D és 3D molekulaszerkezetek egymásba alakíthatók.
Kémiai számítások
A HyperChem átfogó molekulamodellezési eszköz az elméleti kémiai tudományterület számára. Alkalmas kvantumkémiai vagy klasszikus modell alapján meghatározott potenciálisenergia-felület leírására, singel point energiaszámítások kivitelezésére, a molekulák geometriájának optimalizálására vagy az átmeneti állapot szerkezetének megkeresésére. A molekulák termikus mozgása is figyelembe vehető a Langevin-dinamika vagy Metropolis–Monte Carlo-módszer segítségével. A számítások során alkalmazhatók a felhasználó által definiált kényszerfeltételek. A termodinamikai jellemzők, mint például entrópia, hőkapacitás vagy szabadenergia a transzlációs, rotációs és vibrációs partíciós függvények segítségével vehetők figyelembe.
- Single Point számítások a molekulaenergia és molekulatulajdonságok meghatározására egy adott molekulageometria mellett. SCF, CI és MP2 számítások.
- Hat különböző energiaminimalizáló algoritmus használható a molekulák geometriájának optimalizálásához. Még MP2 számítások is kivitelezhetők a stabil szerkezet meghatározásához és a gerjesztett állapotok is vizsgálhatók.
- Az optimalizált szerkezetre elvégzett rezgési analízis meghatározza a normálrezgéseket. A molekula infravörös spektruma – a spektrumvonalak intenzitásával együtt – is kiszámítható, és megjeleníthetők az egyes rezgési átmenetekhez tartozó molekularezgések.
- UV-VIS spektrum meghatározása a frekvenciák és intenzitások megjelenítésével.
- Az átmeneti állapot kereső eljárás azonosítja az állapotnak megfelelő metastabil szerkezeteket az Eigenvector Following vagy a Synchronous Transit módszerek egyikével.
- Molekuladinamikai számítások állnak rendelkezésre a molekularendszerek klasszikus trajektóriáinak kiszámítására. A reaktív ütközések modellezése kvantummechanikai módszerrel történhet. A simulated annealing módszer lehetőséget nyújt a hőmérsékletfüggő folyamatok tanulmányozására. A szimulációk mind állandó energia, mind állandó hőmérséklet feltételek mellett végrehajthatók.
- A Langevin-dinamika alkalmas arra, hogy a hagyományos molekuladinamikai számítások során a súrlódási és sztochasztikus erőket is figyelembe vegyék. Így a molekulák ütközéséből származó hatások is számolhatók anélkül, hogy explicit oldószermolekulákat kellene szerepeltetni a molekularendszerben.
- A Metropolis—Monte Carlo-szimuláció egy sztochasztikus sokaság lehetséges konfigurációit mintavételezi egy adott hőmérsékleten. Alkalmas arra, hogy megtalálja a rendszerben lehetségesen fellelhető konformációkat és meghatározza a hőmérsékletfüggő egyensúlyi átlagokat.
- Egy molekula transzlációs, rotációs és vibrációs mozgásának elemzésével kiszámítható az energia és entrópia egy adott T hőmérsékleten, amelyek segítségével meghatározható az A=E-TS szabadenergia.
- Bármely reakció egyensúlyi állandója meghatározható, és grafikonon ábrázolható mint a hőmérséklet függvénye.
- Az egymolekulás és kétmolekulás reakciók reakciósebességi állandói kiszámíthatók, és a hőmérséklet függvényében ábrázolhatók.
- A molekulák hőkapacitása mint a T hőmérséklet függvénye meghatározható a molekulák transzlációs, rotációs és vibrációs függvényeiből.
- Bármely molekularendszerre alkalmazható elektromos mező. Láthatóvá válik, hogy ez a hatás milyen változásokat okoz a molekulamodellezési eredményeken, mint például molekulaszerkezet, energia vagy reaktivitás.
- Szemiempirikus módszerrel végzett számításoknál figyelembe vehető külső mágneses mező hatása is.
- Általában minden egyes számítási módszer alkalmazható minden egyes modellezési feladatnál, például ab initio módszer molekuladinamikához, sűrűségfunkcionál módszer rezgési spektrum számításához stb.
- QSAR tulajdonságok is meghatározhatók (Gasteiger töltések, a felszín területe (kétféle módszerrel), térfogat, hidratációs energia, log P, refraktivitás, kötéspolarizáltsági összeg, tömeg).
- Konformációanalízis (Monte—Carlo-konformációkeresés, ezt követő geometriaoptimalizálás, és az alacsony energiájú konformerek kigyűjtése egy táblázatba.)
- Kiszámíthatók az NMR árnyékolási tényezők és a csatolási állandók, s megjeleníthető az 1D NMR-spektrum. A speciálisan NMR-számításokra kifejlesztett TNDO lehetővé teszi az NMR-jellemzők gyors számítását, a többi szemiempirikus módszernél nagyobb pontossággal.
Ab initio kvantumkémiai számítások
- Az összes széles körben használt báziskészlet használható (az STO-1G-től a 6-311++g2d2p-ig), többek között a jól ismert STO-3G, 3-21G* és 6-31G**.
- Extra bázisfüggvények adhatók (s, p, d, sp, spd) mind egyedi atomokhoz, mind atomcsoportokhoz.
- A felhasználók saját báziskészletet hozhatnak létre, vagy igényeiknek megfelelően módosíthatják a meglevő báziskészleteket.
- A különböző atomokhoz eltérő báziskészletek használhatók.
- A modellezési feladatoknál külső elektromos mező alkalmazható, s sokféle számítási mód áll rendelkezésre: CI, MP2, SCF RHF és UHF.
Sűrűségfunkciónál elmélet
- Az ab initio modul minden lehetősége rendelkezésre áll (például molekuladinamika, molekularezgések) stb.
- A hét kicserélődési potenciál ((Slater, Hartree-Fock, Becke 88, Perdew-Wang 91, Gill 96, PBE 96, HCTH 98) és a hét korrelációs potenciál (VWN, Perdew-Zunger 81, Perdew 86, Lee-Yang-Parr, Perdew-Wang 91, PBE 96, HCTH 98) bármely kombinációja használható.
- Hibrid és kombinációs potenciálok: B3-LYP, B3-PW91, EDF1, Becke 97.
Szemiempirikus számítások
A HyperChem 11 különböző szemiempirikus módszert tartalmaz; az általánosan elterjedtek mellett azokat is, amelyek olyan speciális feladatok elvégzésére lettek paraméterezve mint átmenetifém- komplexek számítása vagy spektrumszimuláció.
- Rendelkezésre álló szemiempirikus módszerek: Extended Hückel, CNDO, INDO, MINDO/3, MNDO, AM1, RM1, PM3, ZINDO/1, ZINDO/S és TNDO.
- Az új TNDO (Typed Neglect of Differecial Overlap) szemiempirikus módszer paraméterei az atomtípusokhoz lettek igazítva, nem magukhoz az atomokhoz, így a molekulamechanikai megközelítésmódnál jóval nagyobb pontosság érhető el vele.
- Minden módszernél alkalmazható külső elektromos mező, a TNDO módszernél pedig külső mágneses mező is a számításoknál.
Molekulamechanika
- Négy különböző force field biztosít számítási lehetőséget a molekularendszerek stabilitásának és dinamikájának vizsgálatához.
- A felhasználók saját atomtípusokat és molekulamechanikai paramétereket adhatnak meg.
- Rendelkezésre álló molekulamechanikai módszerek: MM+ (általános feladatokhoz) és Amber, BIO+(Charmm), OPLS (három, kifejezetten biomolekulák vizsgálatára kifejlesztett force field).
- A force fieldek minden paramétere könnyű és egyszerű módon megtekinthető és módosítható.
Kevert számítások
A HyperChem lehetővé teszi, hogy egy molekularendszernek csak egy meghatározott részét kezeljük kvantummechanikai szinten (például az oldott anyag molekuláját) míg a rendszer többi részét, az oldószermolekulákat klasszikus közelítéssel számoljuk. Ez a határfeltétel-technika alkalmazható a szemiempirikus modelleknél, s bizonyos korlátozásokkal az ab intio és sűrűségfunkcionál számításoknál is.
Egyéb programjellemzők
Chemist’s Developer Kit
- Fejlesztői környezet, amely segítségével a HyperChem működése személyre szabható és modellezési lehetőségei kibővíthetők
- A speciális alkalmazások számára új menüpontok építhetők be a HyperChem menürendszerébe, amelyekből új számítási és grafikai eljárások érhetők el.
- A program Visual Basic, C, C++ és FORTRAN csatolófelülettel is rendelkezik. Nem csak új menüpontok, de új dialógusablakok is létrehozhatók. Például a HyperChem használható olyan szerkezetek és számítási eredmények megjelenítésére is, amelyeket valamely más, nem grafikus modellezőprogramban hoztak létre.
- A HyperChem eljárásai más Windows alapú programokhoz kapcsolhatók, például összeköthető működése a MS Word és MS Excel programokéival. A HyperChemmel nyert eredmények közvetlenül átirányíthatók ezekbe a szoftverekbe, így lehetővé téve a kényelmesebb adatelemzést és beszámolókészítést.
- A HyperChem saját szkriptszerkesztővel rendelkezik, amelyben könnyen megírhatók egy adott feladat elvégzését irányító szkriptek, vagy interaktívan lefuttathatók egy szkript parancsai.
- A Tcl nyelv segítségével összetett szkriptek hozhatók létre, míg a Tk felhasználásával új grafikus elemek és dialógusablakok alkothatók. Ezek a sztenderd nyelvek a HyperChem szkriptnyelvének több mint 700 változójával és paranccsával bővültek ki.
Csatolófelület számos más molekulamodellező programhoz
(GAMESS, Gaussian, PQS, Q-Chem, MOPAC 2007)
- A nyílt forráskódú csatolófelületek, amelyek a Visual Studio vagy a C++ felhasználásával programozhatók, mindenki számára lehetővé teszi a programfejlesztést.
- A csatolófelületek adatokat juttatnak más programoknak, s a velük végzett műveletek befejezése után az eredményeket visszairányítják a HyperChembe.
- Egyszerű modell alapján építhetők grafikus kezelőfelületek különböző numerikus programcsomaghoz.
- Minden csatolófelület lehetővé teszi grafikus felület létrehozását single point számításokhoz, geometria optimalizáláshoz és a molekula normálrezgéseinek meghatározásához.
Dokumentáció, példafeladatok, videók és on-line súgó
A HyperChem program tartalmazza működésének teljeskörű elektronikus dokumentációját Adobe Acrobat formátumban. Ez az elektronikus anyag azonos a hat kötetben elérhető nyomtatott formátumú dokumentációval (Getting Started, Reference Manual Vol. 1 és Vol. 2., Modules, Chemist’s Developer Kit és Computational Chemistry). A különálló on-line súgó is része a programnak. A program működésének megértését és kezelésének gyors megtanulását oktatóvideók széles köre segíti. Több mint száz példafeladat megoldását lehet megismerni a molekulamodellezés és a HyperChem kezelésének témaköreiből.
Licenckezelés
A HyperChem egy felhasználós példányának szoftverkulcsos verziója csak egy előre megadott számítógépen használható, míg a hardverkulcsos változat a kulcsot használó bármely számítógépen futtatható. A hálózati licensz párhuzamosan, egyszerre több munkahelyen biztosítja a program használatát.
A HyperChemmel elérhető eredmények
Megjelenítési lehetőségek
- Molekulamodellek: golyós-pálcás, CPK-gömbök, golyós-hengeres vagy csöves. Választható lehetőség az árnyékolás és élfények használata. Bármely megjelenítési módhoz választható van der Waals pontfelszín.
- Fehérjemolekulák vázának szalagos ábrázolása, az oldalláncok megjelenítésével vagy nélküle.
- Fehérjék másodlagos szerkezetének jelölése: henger, szalagvonalak, vastag szalag és tekercsvonal.
- 3D szintfelületek és 2D kontúrábrák: teljes töltéssűrűség, molekulapályák, spinsűrűség, elektrosztatikus potenciál.
- A 3D töltéssűrűség-felületre rávetíthető színkódolással az elektrosztatikus potenciál.
- A szintfelületek megjelenítésének lehetőségei: drótváz, Jorgensen-Salem, áttetsző és átlátszatlan felszín, Gouraud árnyékolt felszín. Megadható az ábrázoláshoz használt rácssűrűség és a szintfelület számértéke.
- Sugárkövetéses módszerrel készített grafikus képek.
- A szimulációk lefolyása során nyomon követhető az átlagos kinetikus és potenciális energia, a teljes energia, továbbá a megjelölt kötéshosszak, kötésszögek és torziós szögek változása.
- Az UV-VIS és IR-spektrumok megjelenítése.
- Molekularezgések szimulációja.
- NMR-spektrum.
- Kristályszerkezetek.
A program személyre szabása és a műveletek automatizálása
- Saját menük létrehozása.
- Az ismétlődően használt eljárások automatizálása szkriptekkel.
- Az adatok a programból fájlba menthetők vagy a képernyőn megjeleníthetők.
- A felhasználó által létrehozott új eljárások önálló menüpontokban szerepeltethetők.
Csatolófelület más szoftverekhez és a program működésének kiterjesztése
- Visual Basic, C/C++ vagy FORTRAN nyelven írhatók csatolófelületek más programokhoz.
- A HyperChemmel kapott eredmények közvetlenül átvihetők az MS Word és MS Excel programokba.
Számítási eredmények
- Izomerek relatív stabilitása.
- Képződéshő.
- Aktivációs energia.
- Atomi töltések.
- HOMO-LUMO energiakülönbség.
- Ionizációs potenciál.
- Elektronaffinitás.
- Dipólmomentum.
- Elektronenergia-szintek.
- MP2 korrelációs energia.
- Gerjesztett állapotok CI energiája.
- Átmeneti állapot szerkezete és tulajdonságai.
- Nemkötő kölcsönhatások energiája.
- UV-VIS spektrum.
- IR-spektrum.
- Reakciósebességi állandók egy- és kétmolekulás reakciókra.
- Egyensúly mint a hőmérséklet függvénye.
- Izotópeffektus molekularezgéseknél.
- Ütközési effektusok hatása a szerkezeti jellemzőkre.
- Klaszterek stabilitása.
- NMR árnyékolási tényezők és csatolási állandók.
- Molekulák konformációi.
- Homológ fehérjék.
Eredmények mentése
- Az Import/Export menüpont segítségével a kvantummechanikai számítások eredményei elmenthetők, vagy a HyperChemben megjeleníthetők más programokkal létrehozott adatok.
- A HyperChem Data saját molekula-adatbázisok létrehozását teszi lehetővé.
- A reakciók lefolyása AVI formátumú videofájlban mozgóképként rögzíthető.
HyperChem Student
A HyperChem Student tanulók számára készült molekulamodellező program. Tudása teljesen azonos a fent bemutatott HyperChem programéval, de a számításokra az alábbi mennyiségi megszorításokat tartalmazza:
-
Ab initio, DFT – 12 atomig
-
Szemiempirikus – 36 atomig
-
MM+ – 100 atomig
-
Amber, Charmm, OPLS – 1000 atomig
